ENTREVUE Q/R — Entre agriculture, bactéries et santé publique

Marie-Paule Primeau — Rédactrice en chef

ENTREVUE Q/R — Entre agriculture, bactéries et santé publique

Alexandre Thibodeau est un microbiologiste diplômé de l’Université de Sherbrooke et de l’Université de Montréal. Depuis 2018, il est professeur à la Faculté de médecine vétérinaire, au sein de la Chaire de recherche en salubrité des viandes (CRSV). Il enseigne au programme de médecine vétérinaire (DMV) ainsi qu’au certificat en technologie et en innocuité des aliments (CTIA). Il effectue ses recherches dans les laboratoires de la Faculté de médecine vétérinaire, mais aussi dans les fermes du Québec. Il étudie les bactéries pathogènes des animaux, zoonotiques ou non, principalement sous l’angle du microbiote, quel que soit le type d’environnement. Ses recherches l’ont, entre autres, mené à développer, au sein de la CRSV, tout ce qui touche au séquençage à haut débit et à la bio-informatique qui en découle.

Parlez-nous de vos recherches actuelles.

Je suis microbiologiste et professeur à la Faculté de médecine vétérinaire, mais je n’ai aucune formation vétérinaire. Je fais aussi partie de la Chaire de recherche en salubrité des viandes, un laboratoire où travaillent quatre professeures-chercheuses et professeurs-chercheurs passionnés aux compétences hautement complémentaires. J’étudie principalement les bactéries pathogènes alimentaires chez les animaux, sous l’angle du microbiote, dans le but de bloquer ces bactéries avant qu’elles n’entrent dans la chaîne alimentaire. Mes recherches portent à la fois sur les bactéries en laboratoire, sur les animaux dans les animaleries de la Faculté de médecine vétérinaire, sur les animaux de la ferme et même sur la viande en abattoir. Mes découvertes me permettent de développer des moyens de contrôle des bactéries pathogènes chez les animaux sans perturber leur santé.

 

Qu’est-ce qui vous a profondément motivé à étudier en science vétérinaire et en microbiologie ?

Je suis tombé en amour avec les bactéries au cégep et mes premiers cours de microbiologie à l’Université de Sherbrooke ont été marquants. Je viens d’un village rural et je me sens bien sur une ferme. Le lien avec l’agriculture a toujours été important pour moi. Les sciences vétérinaires m’ont permis d’allier ma passion pour les bactéries avec mon amour de l’agriculture et des animaux.

Quel est le défi le plus important à l’atteinte de résultats dans vos recherches ?

Les plus grands défis que je rencontre sont la recherche de financement et le recrutement des personnes étudiantes animées par la recherche. Je trouve aussi difficile de voir le public perdre confiance en la recherche ou se permettre de réagir avec trop d’émotion lorsque les chercheuses et les chercheurs prennent la parole, comme c’est parfois le cas lorsque les médias interpellent des scientifiques. Des pensées me hantent chaque fois que je donne une entrevue. Si je fais une erreur, vais-je perdre du financement ? Quelles seront les réactions de mes collègues ? Si je vais à l’encontre d’une croyance populaire, le public réagira-t-il de manière disproportionnée?

Un autre défi est le temps. Trouver du temps pour tout bien faire est difficile. La recherche a changé en 20 ans et ma profession est devenue plus complexe. Aujourd’hui, être chercheuse ou chercheur est beaucoup plus qu’enseigner et être dans un laboratoire.

De quelle manière vos travaux touchent-ils le grand public ?

D’abord, je travaille à l’amélioration de la santé publique : avec moins de micro-organismes pathogènes dans les assiettes, moins de personnes tomberont malades. J’ai aussi à cœur le bien-être et la santé des animaux. En développant des connaissances et des technologies qui serviront aux éleveuses et aux éleveurs, je contribue à conserver la grande qualité de leurs produits tout en assurant le maintien d’un prix acceptable pour les consommatrices et les consommateurs. De plus, j’intègre des questions environnementales dans mes recherches pour aider l’industrie à concrétiser ses efforts en matière de lutte aux changements climatiques.

Dans votre domaine d’expertise, quelle percée dans les dix prochaines années représenterait une grande avancée ?

Une manipulation efficace et personnalisée (c.-à-d. selon la ferme) du microbiote intestinal constituerait une grande avancée dans mon domaine. L’obtention d’un profil idéal pour un microbiote donné favoriserait une digestion optimale des aliments par l’animal, tout en contribuant à sa santé globale et, bien entendu, en bloquant les bactéries pathogènes dans les aliments.

Comment envisagez-vous l’avenir dans votre champ de recherche ?

Avec optimisme. Les chercheuses et les chercheurs travaillent de plus en plus ensemble et se rendent compte que plusieurs disciplines sont complémentaires. Les technologies plus récentes, comme le séquençage à haut débit (p. ex. découvrir tout l’ADN d’un échantillon donné en même temps) et la métabolomique (p. ex. étudier l’ensemble des molécules présentes dans le sang), deviennent de plus en plus abordables et sont donc utilisables dans les recherches en agriculture, ce qui pousse les connaissances encore plus loin.

Certaines décisions politiques ont-elles eu des répercussions dans votre champ d’expertise au cours des dernières années et, si oui, de quel ordre ?

Toute réduction des budgets dédiés à la recherche, que ce soit au moyen de coupures ou de non-indexation à l’échelle provinciale ou fédérale, touche la capacité des équipes de recherche, et donc directement la compétitivité et l’indépendance technologique du Canada.

Le fait de limiter l’accès des personnes étudiantes aux cycles supérieurs dans les universités affecte aussi énormément les laboratoires de recherche, ce qui empêche ces derniers de remplir leur mission. De plus, étrangement, la vaste majorité des étudiantes et des étudiants aux cycles supérieurs vient de l’étranger. Dans le contexte politique actuel, les chercheuses, les chercheurs et les institutions doivent pousser la réflexion plus loin et s’interroger, à l’échelle nationale, pour déterminer les raisons pour lesquelles les étudiantes et les étudiants locaux ne poursuivent pas leurs études aux cycles supérieurs, alors que d’autres pays ne vivent pas cet enjeu.

Comment l’intelligence artificielle influence-t-elle votre domaine ?

L’intelligence artificielle (IA) aide les équipes de recherche à faire du remue-méninges et à considérer l’ensemble de la littérature scientifique. Elle peut améliorer la rédaction scientifique pour la rendre plus fluide, plus compréhensible et plus accessible pour le public. Par contre, l’IA ne peut pas encore juger de la qualité d’une publication scientifique, car elle est incapable d’interpréter les protocoles expérimentaux. Elle n’est pas non plus en mesure de déterminer si les autrices et les auteurs d’une publication étirent la sauce et émettent des conclusions plus ou moins soutenues par leurs résultats.

Si vous aviez un livre à recommander à la ou au ministre responsable de votre domaine, quel serait-il ?

Je ne lui recommanderais pas de lire. Je lui proposerais plutôt de venir à la rencontre des scientifiques et des personnes étudiantes aux cycles supérieurs. Je rêve d’une semaine de la recherche québécoise en science et technologie, au cours de laquelle tous et toutes (chercheuses et chercheurs en début de carrière et super vedettes internationales de la recherche, représentantes et représentants de l’industrie, et grand public) pourraient se rencontrer, se présenter et réseauter. Cette rencontre se déroulerait dans le plus grand respect et avec ouverture d’esprit, mais aussi avec une participation constante et engagée du secteur politique (ministres et fonction publique). Pour le secteur politique, le but serait d’apprendre, tout simplement, et pas nécessairement de gagner des points au scrutin. Ce mégaévènement, qui pourrait se dérouler au Palais des congrès ou même au Stade olympique (je vois grand !), serait rassembleur et se répéterait avec une certaine périodicité, ce qui en ferait un incontournable en recherche.

 

Quelle est l’une de vos grandes passions, hormis votre travail ?

Ma famille. Sinon, mes passions changent souvent au fil du temps, mais certains thèmes restent stables : la pêche et les jeux vidéo !


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