Déjà associé à des maladies comme le diabète, la dépression ou certains troubles inflammatoires, le microbiote intestinal pourrait aussi jouer un rôle méconnu, celui de modulateur de la douleur chronique. Depuis une dizaine d’années, des équipes de recherche dans le monde entier, dont une à Montréal, explorent cette piste émergente encore incertaine, mais prometteuse pour mieux comprendre la douleur chronique.

Au Canada, une personne sur cinq vit avec de la douleur chronique, un problème de santé publique difficile à diagnostiquer et à soulager. Malgré des décennies de recherches, les mécanismes de la douleur chronique restent en partie mystérieux, laissant patientèles et équipes soignantes face à des solutions limitées. Devant ces défis persistants, les scientifiques envisagent aujourd’hui une nouvelle avenue : celle du microbiote intestinal. Au cours des dernières années, de nombreux travaux ont en effet suggéré que les milliards de micro-organismes (bactéries, virus, champignons, levures, etc.) qui peuplent l’intestin influenceraient la sensibilité à la douleur. Cela signifie qu’au-delà de l’inflammation et de l’activation des nerfs, la douleur pourrait prendre racine dans l’intestin. Ces découvertes, encore exploratoires, n’apportent pas de solutions miracles, mais offrent une nouvelle voie pour mieux comprendre et traiter la douleur chronique.

Des signatures bactériennes

De plus en plus d’études établissent un lien possible entre le microbiote intestinal et la manière de ressentir la douleur. Par exemple, en laboratoire, le simple fait de transférer à des souris le microbiote de personnes souffrant de douleur chronique les rendrait plus sensibles à la douleur [1].

En 2019, une équipe de recherche de l’Université McGill a identifié pour la première fois une signature bactérienne unique chez des femmes atteintes de fibromyalgie, une maladie chronique caractérisée par des douleurs diffuses et persistantes [2]. Certaines bactéries défavorables à l’équilibre intestinal étaient présentes en excès dans le microbiote, tandis que d’autres, bénéfiques, s’y trouvaient en quantité insuffisante. Un premier lien possible entre le microbiote intestinal et la douleur chronique venait d’être établi. Dans une autre étude publiée en 2023, la même équipe a montré que le déséquilibre du microbiote se reflétait par des changements dans les taux sanguins d’acides biliaires *. Ces variations semblaient associées à la gravité des symptômes chez les personnes atteintes de fibromyalgie, suggérant une utilisation potentielle de ces acides comme biomarqueurs * de la maladie [3].

Ces résultats laissent penser que certains types de douleur chronique seraient liés à des « empreintes microbiennes », un peu comme des indices laissés par les bactéries. À l’avenir, de simples analyses du microbiote intestinal pourraient aider à diagnostiquer plus tôt certaines douleurs ou à en suivre l’évolution. Toutefois, la recherche n’a pas encore permis d’établir si ces modifications du microbiote sont une cause directe de la maladie ou une conséquence de celle-ci.

L’axe intestin-cerveau

Historiquement, le microbiote intestinal était uniquement considéré comme un allié de la digestion. Pourtant, ces dernières années, la recherche a montré qu’il jouait également un rôle dans le bon fonctionnement du système immunitaire et dans les processus inflammatoires, et qu’il assurait une communication constante avec le cerveau. Ce dernier mécanisme, appelé « axe intestin-cerveau [4] », utilise trois voies principales de communication : le nerf vague, qui relie directement l’intestin au cerveau ; le sang, qui transporte des molécules produites par les bactéries et absorbées dans le système digestif ; et le système immunitaire, qui réagit aux signaux microbiens. Ainsi, ce qui se passe dans l’intestin est non seulement susceptible d’influencer l’humeur et le niveau de stress d’une personne, mais aussi l’intensité de sa douleur [5].

Parmi les acteurs clés qui influencent l’axe intestin-cerveau figure la sérotonine, souvent surnommée « molécule du bonheur ». Ce neuromédiateur * participe à la régulation de l’humeur, du sommeil et aussi de la douleur. Étonnamment, près de 90 % de la sérotonine de l’organisme est produite dans l’intestin par des cellules spécialisées appelées « cellules entérochromaffines », sous l’influence de certaines bactéries [6]. Même si elle ne se rend pas directement au cerveau, la sérotonine produite dans l’intestin peut stimuler le nerf vague et interagir avec des cellules immunitaires présentes dans la circulation sanguine. De cette manière, elle ouvre plusieurs voies de communication indirectes entre l’intestin et le système nerveux. Ce réseau complexe illustre comment le microbiote peut agir comme un véritable chef d’orchestre coordonnant des signaux capables de moduler la douleur.

Lorsque l’organisme est perturbé (p. ex. par une alimentation inadéquate, le stress ou certaines maladies), la barrière intestinale, normalement étanche, peut se fragiliser. Les cellules qui la composent deviennent dès lors plus perméables, laissant s’échapper dans le sang des fragments bactériens, des résidus alimentaires mal digérés ou encore des toxines. Ces molécules indésirables activent alors le système immunitaire et entretiennent une inflammation, qui peut devenir chronique et sensibiliser les circuits de la douleur. Parallèlement, l’équilibre de la flore intestinale se rompt. Certaines bactéries intestinales, habituellement minoritaires, deviennent plus abondantes, un phénomène appelé « dysbiose intestinale [7] ». Ce déséquilibre est fréquemment observé dans plusieurs maladies douloureuses, comme la fibromyalgie, la migraine ou l’arthrose [8]. Bien que la relation de cause à effet reste à éclaircir, ces observations renforcent l’idée qu’un microbiote déséquilibré peut accentuer certains mécanismes de la douleur.

Des métabolites et des signaux nerveux

Les bactéries intestinales produisent et libèrent de nombreuses molécules appelées « métabolites » capables d’interagir avec le système nerveux et d’influencer la douleur [9]. Ces métabolites incluent notamment des neuromédiateurs, des hormones, des vitamines et des acides gras *. Chez des souris de laboratoire, une équipe de recherche a démontré que certains acides gras, comme le butyrate *, avaient la capacité de réduire l’inflammation de la moelle épinière, là où transitent les signaux douloureux [10]. À l’inverse, un excès de poids ou une alimentation riche en graisses saturées * et transformées peut faire en sorte que certaines bactéries intestinales deviennent une source d’inflammation en favorisant la libération de métabolites dits « pro-inflammatoires », comme les lipopolysaccharides *. Ceux-ci activent les défenses immunitaires et perturbent la communication nerveuse, ce qui contribue à amplifier la douleur. Ces métabolites pro-inflammatoires ont d’ailleurs été retrouvés dans le sang de personnes souffrant de douleur chronique [11]. Même si les effets précis de ces métabolites chez l’être humain restent à confirmer, ces observations suggèrent que les bactéries intestinales sont bien plus que de simples colocataires : elles seraient activement impliquées dans la régulation de la douleur.

Le microbiote pour soulager

Si le microbiote intestinal et les bactéries qui le composent jouent un rôle clé dans la douleur, les cibler pourrait alors offrir de nouvelles pistes thérapeutiques. Bien que plusieurs approches étudiées par les scientifiques restent exploratoires, elles suscitent tout de même un intérêt croissant [12].

Parmi ces pistes, les probiotiques occupent une place importante. Ces bonnes bactéries, qui aident à maintenir un microbiote équilibré, se retrouvent naturellement dans certains aliments ou sont offertes sous forme de compléments alimentaires. Parmi les aliments, le yogourt fait figure de grand classique, car il regorge de certaines souches de Lactobacillus et de Bifidobacterium, deux familles de bactéries reconnues pour leurs propriétés probiotiques et associées à un microbiote en santé. Plus récemment, le kombucha, une boisson fermentée à base de thé, a également été identifié comme une source potentielle de probiotiques. Ces micro-organismes vivants peuvent influencer la production de métabolites anti-inflammatoires, renforcer l’étanchéité de la barrière intestinale et interagir avec le système immunitaire, contribuant ainsi à réduire l’inflammation. Quelques études suggèrent d’ailleurs que la consommation régulière de probiotiques entraînerait un effet analgésique, notamment sur les douleurs abdominales [13]. Leurs résultats restent cependant limités et parfois contradictoires.

Une autre piste thérapeutique est celle des prébiotiques, c’est-à-dire des fibres alimentaires non digérées qui nourrissent les bactéries bénéfiques de l’intestin. En favorisant la croissance de ces bonnes bactéries, les prébiotiques stimulent la production d’acides gras, comme le butyrate, qui sont reconnus pour leur rôle anti-inflammatoire et leur capacité à moduler l’axe intestin-cerveau. Les prébiotiques sont présents naturellement dans les légumes, les légumineuses (lentilles, pois, fèves, etc.) et les céréales complètes. Même si leur consommation est associée à une meilleure santé intestinale et à une baisse de l’inflammation, leur rôle direct dans la gestion de la douleur reste à démontrer.

L’alimentation dans son ensemble joue aussi un rôle clé dans la modulation de la douleur en influençant la composition du microbiote intestinal. Des recherches suggèrent qu’une alimentation riche en fibres (présentes dans les fruits, les légumes et les légumineuses) et en acides gras oméga-3 (présents dans les poissons gras, comme le saumon, le maquereau ou les sardines) favorise la croissance de bactéries produisant davantage de composés anti-inflammatoires, tout en limitant la prolifération de celles liées à l’inflammation [14]. Les fibres et les acides gras oméga-3 pourraient donc réduire l’activation du système immunitaire et atténuer la sensibilité des voies nerveuses impliquées dans la douleur. En d’autres mots, moins d’inflammation et moins d’excitation nerveuse diminueraient – possiblement – l’intensité de la douleur.

Enfin, la transplantation fécale constitue une piste étonnante. Cette technique consiste à transférer le microbiote intestinal d’une personne en bonne santé vers une personne souffrant de douleur chronique au moyen d’un don de selles. Cette greffe intestinale vise à restaurer l’équilibre microbien bénéfique et, potentiellement, à réduire l’inflammation. Des résultats encourageants ont été obtenus chez l’animal [15] et dans quelques essais cliniques chez l’être humain [16]. Pour l’instant, cette approche reste cependant expérimentale. D’autres études seront nécessaires pour en établir la sécurité et l’efficacité à long terme.

Le lien entre microbiote intestinal et douleur chronique suscite un véritable intérêt scientifique. À terme, les recherches sur le sujet pourraient offrir de nouveaux outils de diagnostic et des approches thérapeutiques innovantes plus personnalisées. L’analyse du microbiote pourrait même permettre d’adapter les traitements ou même de prédire l’apparition de certaines douleurs en fonction de l’empreinte bactérienne intestinale. Autrement dit, une approche ciblée assurerait une meilleure prise en charge. Ces travaux en plein essor laissent entrevoir une gestion de la douleur qui ne reposerait plus majoritairement sur les médicaments, mais aussi sur l’alimentation, l’hygiène de vie et une meilleure compréhension des micro-organismes intestinaux. Les données actuelles restent toutefois limitées et ne permettent pas encore de tirer de conclusions définitives. Plutôt qu’une solution miracle, le microbiote intestinal doit être vu comme une pièce supplémentaire d’un casse-tête complexe. Mieux comprendre son rôle aiderait non seulement à expliquer pourquoi et comment certaines douleurs persistent, mais aussi à découvrir de nouvelles pistes de traitement.

Les scientifiques restent donc à l’affût : le prochain ventre qui gargouille pourrait bien être la clé d’une gestion personnalisée de la douleur chronique. 

Lexique

Acides biliaires : molécules synthétisées par le foie à partir du cholestérol qui sont impliquées dans la digestion et l’absorption des graisses.

Acides gras : éléments constitutifs des matières grasses (graisses et huiles), c’est-à-dire des molécules lipidiques composées d’une chaîne d’atomes de carbone et d’hydrogène.

Biomarqueur : caractéristique biologique mesurable (molécule, gène, signal) permettant de diagnostiquer ou de suivre l’évolution d’une maladie.

Butyrate : acide gras produit par certaines bactéries intestinales lors de la fermentation des fibres.

Graisses saturées : lipides naturellement présents dans les produits d’origine animale (lait, beurre, fromages, viandes grasses) et dans certains produits transformés.

Lipopolysaccharides : molécules complexes, composées d’un lipide, d’un sucre et d’un antigène (molécule reconnue par le système immunitaire), qui constituent la membrane externe de certaines bactéries. Les lipopolysaccharides sont responsables de la toxicité des bactéries et de leur capacité à provoquer une réaction immunitaire.

Neuromédiateur : substance chimique libérée par les neurones, aussi appelée « neurotransmetteur », qui transmet des signaux à d’autres cellules nerveuses, musculaires ou glandulaires. Les neuromédiateurs sont essentiels à la communication dans le système nerveux.

Références : 

[1] Liu, L., Wu, Q., Chen, Y., Ren, H., Zhang, Q., Yang, H., Zhang, W., Ding, T., Wang, S., Zhang, Y., Liu, Y. et Sun, J. (2023). Gut microbiota in chronic pain: Novel insights into mechanisms and promising therapeutic strategies. International Immunopharmacology, 115, 109685. https://doi.org/10.1016/j.intimp.2023.109685

[2] Minerbi, A., Gonzalez, E., Brereton, N. J. B., Anjarkouchian, A., Dewar, K., Fitzcharles, M.-A., Chevalier, S. et Shir, Y. (2019). Altered microbiome composition in individuals with fibromyalgia. Pain, 160(11), 2589-2602. https://doi.org/10.1097/j.pain.0000000000001640

[3] Minerbi, A., Gonzalez, E., Brereton, N. J. B., Anjarkouchian, A., Dewar, K., Fitzcharles, M.-A., Chevalier, S. et Shir, Y. (2023). Altered serum bile acid profile in fibromyalgia is associated with specific gut microbiome changes and symptom severity. Pain, 164(2), e66-e76. https://doi.org/10.1097/j.pain.0000000000002694

[4] Ho, T., Elma, Ö., Kocanda, L., Brain, K., Lam, T., Kanhere, T. et Dong, H.-J. (2025). The brain-gut axis and chronic pain: Mechanisms and therapeutic opportunities. Frontiers in Neuroscience, 19, 1545997. https://doi.org/10.3389/fnins.2025.1545997

[5] Liu et al., op. cit.

[6] Kim, D. Y. et Camilleri, M. (2000). Serotonin: A mediator of the brain-gut connection. The American Journal of Gastroenterology, 95(10), 2698-2709. https://doi.org/10.1111/j.1572-0241.2000.03177.x

O’Mahony, S. M., Clarke, G., Borre, Y. E., Dinan, T. G. et Cryan, J. F. (2015). Serotonin, tryptophan metabolism and the brain-gut-microbiome axis. Behavioural Brain Research, 277, 32-48. https://doi.org/10.1016/j.bbr.2014.07.027

[7] Garvey, M. (2023). The association between dysbiosis and neurological conditions often manifesting with chronic pain. Biomedicines, 11(3), 748. https://doi.org/10.3390/biomedicines11030748

[8] Liu et al., op. cit.

Meléndez-Oliva, E., Martínez-Pozas, O., Sinatti, P., Martín Carreras-Presas, C., Cuenca-Zaldívar, J. N., Turroni, S. et Sánchez Romero, E. A. (2025). Relationship between the gut microbiome, tryptophan-derived metabolites, and osteoarthritis-related pain: A systematic review with meta-analysis. Nutrients, 17(2), 264. https://doi.org/10.3390/nu17020264

[9] Liu et al., op. cit.

Garvey, op. cit.

[10] Ibid.

Ruan, W., Engevik, M. A., Spinler, J. K. et Versalovic, J. (2020). Healthy human gastrointestinal microbiome: Composition and function after a decade of exploration. Digestive Diseases and Sciences, 65, 695-705. https://doi.org/10.1007/s10620-020-06118-4

[11] Liu et al., op. cit.

[12] Costa, A. et Lucarini, E. (2025). Treating chronic stress and chronic pain by manipulating gut microbiota with diet: Can we kill two birds with one stone? Nutritional Neuroscience, 28(2), 221-244. https://doi.org/10.1080/1028415X.2024.2365021

Guo, R., Chen, L. H., Xing, C. et Liu, T. (2019). Pain regulation by gut microbiota: Molecular mechanisms and therapeutic potential. British Journal of Anaesthesia, 123(5), 637-654. https://doi.org/10.1016/j.bja.2019.07.026

[13] Ibid.

^[14] Lefort-Holguin, M., Delsart, A., Otis, C., Moreau, M., Barbeau-Grégoire, M., Mellet, F., Biourge, V., Lussier, B., Pelletier, J.-P., Martel-Pelletier, J et Troncy, E. (2024). Efficacy and safety of a diet enriched with EPA and DHA, turmeric extract and hydrolysed collagen in management of naturally occurring osteoarthritis in cats: A prospective, randomised, blinded, placebo- and time-controlled study. Animals, 14(22), 3298. https://doi.org/10.3390/ani14223298

[15] Frézier, M., Otis, C., Labelle, E., Lussier, B., Gaudreau, P., Authier, S., Costa, M. C., Beaudry, H. et Troncy, E. (2025). Comparative pain expression and its association to intestinal microbiota through the MI-RAT^© osteoarthritis model induced in LOU/C/Jall and Sprague-Dawley aged rats. International Journal of Molecular Sciences, 26(16), 7698. https://doi.org/10.3390/ijms26167698

[16] Liu et al., op. cit.